Comme son nom l'indique, ce régime fonctionne en faisant alterner de manière répétitive deux régimes articulés l'un à l'autre, le régime des protéines pures, puis ce même régime additionné de tous les légumes verts ou cuits. Chaque cycle de cette alternance fonctionne comme l'injection-combustion d'un moteur à deux temps qui brûle son quota de calories.
C'est ce régime des Protéines Alternatives et sa contraction en Prot-Al qui ont donné son nom à l'ensemble de la méthode.